W 1445 r. na Przedmieściu Gdańskim mieszczanie bydgoscy ufundowali szpital-przytułek wraz z drewnianym kościołem p.w. Ducha Świętego. W 1582 r. kościół ten, mocno zniszczony zębem czasu, rozebrano i na jego miejsce poczęto wznosić murowaną świątynię, której budowę zakończono około 1600 r. W 1615 r. osiadły w Bydgoszczy Mniszki Zakonu św. Klary, zachowujące regułę papieża Urbana IV z 1263 r. i stąd nazywane klaryskami-urbanistakmi. Jeszcze w tym samym roku przejęły one na własność kościół i zabudowania poszpitalne (szpital przeniesiono na inne miejsce, a następnie rozpoczęły budowę klasztoru i rozbudowę kościoła, tak by przystosować go do potrzeb zakonu klauzurowego. 11 listopada 1618 r. siostry przeniosły się do nowego budynku klasztornego. Do 1644 r. trwały prace budowlane przy kościele, który został konsekrowany 17 września 1645 p.w. świętych Wojciecha, Klary i Barbary. Kościół jest zbudowany w stylu późnogotyckim, z wyraźnymi cechami zaczynającego się już stylu renesansowego. Osobliwością klarysek bydgoskich było, że nie podlegały jurysdykcji prowincjała franciszkanów konwentualnych, lecz biskupa włocławskiego, gdyż na terenie jego diecezji leżała wówczas Bydgoszcz.
Władze pruskie, przystępując do stopniowej likwidacji życia zakonnego, już w 1819 r. skonfiskowały majątki ziemskie klarysek, a w kwietniu 1835 r. zamknęły klasztor. Kościół został zmieniony na magazyn, później na remizę strażacką, a jego wyposażenie rozdano okolicznym świątyniom, zwłaszcza farze bydgoskiej; w klasztorze, dość znacznie przebudowanym (m.in. rozebrano skrzydło łączące klasztor z kościołem) umieszczono różne urzędy. Parcelacji uległ także ogród klasztorny; dziś na jego terenie stoją budynki mieszkalne i biura. Staraniem Towarzystwa Historycznego dla Obwodu Nadnoteckiego w 1888 r. kościół przeznaczono dla ekspozycji muzealnych i w związku z tym podjęto jego remont, m.in. dobudowano klatkę schodową przy zakrystii, przebudowano wieżę, a drugą zakrystię (tzw. zakrystia kapłańska) przekształcono w salę wystawową (dziś kaplica M.B. Częstochowskiej). Po zakończeniu I wojny światowej świątynia wróciła we władanie Kościoła Katolickiego. Po zakończeniu prac restauracyjnych, przywracających sakralny charakter, została poświęcona 3 grudnia 1922 r. jako kościół filialny parafii farnej; później otrzymała osobnego rektora, który zarazem bywał duszpasterzem akademickim. 11 listopada 1925 r. sufragan gnieźnieński bp Antoni Laubitz konsekrował kościół, nadając mu wezwanie Wniebowzięcia N.M.P. Władze kościelne zrezygnowały z prawa do budynku klasztornego, który odtąd stanowi własność państwową; obecnie mieści się w nim muzeum.
Po II wojnie światowej podjęto w kościele prace konserwatorskie, m.in. w 1955 r. odsłonięto XVII-wieczne freski, odzyskano późno renesansowy ołtarz główny, który po kasacie klasztoru klarysek trafił do kościoła parafialnego w Sypniewie, odzyskano również XVII-wieczną kratę oddzielającą prezbiterium od nawy.
Z inicjatywy Mniszek Klarysek od Wieczystej Adoracji Najświętszego Sakramentu (nie mylić z klaryskami-urbanistakmi, o których była mowa wyżej), które mają swój klasztor w Bydgoszczy od 1925 r., a związane są z naszym zakonem przez założyciela, francuskiego kapucyna Bonawenturę Herlaut, za zgodą abpa gnieźnieńskiego Henryka Muszyńskiego, Prowincja Warszawska Braci Mniejszych Kapucynów przejęła kościół w opiekę duszpasterską z dniem 10 listopada 1993 r. (uroczyste przekazanie kościoła miało miejsce 13 listopada 1993 r.). Kononiczne erygowanie klasztoru nastąpiło 17 września 1994 r. Bracia początkowo mieszkali w dawnym mieszkaniu rektora kościoła przy ul. Farnej, od 1995 r. mieszkają w mieszkaniu w kamienicy przy ul. Gdańskiej 5.
źródło: Jubileuszowy katalog
Zakonu Braci Mniejszych Kapucynów Prowincji Warszawskiej 1952-2002
Bracia Mniejsi Kapucyni, Warszawa 2002